Каждое слово в русском языке состоит из частей: окончание, основа, приставка, корень, суффикс. Слово может иметь все части, а может - только несколько из них. В слове "ест" окончание нулевое, основа слова - "ест", суффикс - "ст", корень слова - "е". В данном случае корень слова состоит из одной буквы, так как если подобрать однокоренные слова, например "еда", "ем", то неизменяемой частью (корнем) будет только буква "е".