Когда мы разбираем слова по составу, то всегда видим корень. Начинать словообразовательный разбор нужно с отделения окончания, оставшаяся часть будет основой. Отсутствующее окончание называется нулевым. В основе всегда найдем корень, иногда там еще есть суффиксы, приставки. Итог разбора нашего слова "стоял": сто — корень, я — суффикс, л — суффикс, стоя — основа слова. Суффикс "л" образует форму прошедшего и не входит в основу глагола. Таким образом нашли корень"сто" в слове "стоял".